Como faço para distanciar um objeto do outro pelo script?

Entendo que você está querendo pegar um objeto na cena e aplicar uma distância ao mesmo via script, certo!

Primeiro, pelo que vejo sua dificuldade está em comandar o objeto que não está interligado ao seu script, como não tenho nenhuma imagem de como está construindo seu projeto eu não tenho certeza se meu pensamento vai bater a favor do seu, então recomendo que dê uma olhada nos tutoriais do Marcos Schultz, em específico neste:

Video:

Dê também uma olhada neste tópico AQUI para ter uma ideia sobre como pegar objetos a partir de seu nome.

Segundo, caso queira que os objetos estejam sempre a uma certa distância, você pode primeiro verificar a distância entre eles através Vector2.Distance, se for menor do que deseja, usando a void Update basta aplicar uma distância x e y a ambos ou em apenas um.

Eu espero ter ajudado e não estar complicando muito a explicação para você, caso não tenha resolvido seu problema, é só argumentar.

Na verdade, eu quero saber como faz para distanciar um objeto do outro, sem necessariamente separá-los pelos eixos, mas que seja como um raio de distância.

A direção seria aleatória? Se for, você pode usar isso: https://docs.unity3d.com/ScriptReference/Random-onUnitSphere.html